Nguyễn Bảo là con trưởng của Thái Đức Hoàng đế Nguyễn Nhạc và Hoàng hậu Trần Thị Huệ. Nguyễn Văn Bảo sinh năm 1776. Trước khi Nguyễn Nhạc xưng đế (1788), Nguyễn Bảo được lập làm Đông cung Thế tử.

Thuở nhỏ, Nguyễn Bảo được anh rể là Phò mã Trương Văn Đa dạy dỗ, Trương Văn Đa được giao chức Thái tử Thái bảo để phò tá. Tuy nhiên Trương Văn Đa khá bận rộn với công việc Gia Định, sau đó từ miền Nam trở về ông cũng mắc bệnh, không lâu sau thì qua đời.

Khi Nguyễn Phúc Ánh cùng các tướng Võ Tánh, Hoàng Tường Đức đem binh vây đánh thành Hoàng Đế, Thái tử Nguyễn Bảo cùng các tướng kéo binh ra lập trận ở cánh đồng Bình Thạnh để ngăn cản. Nhưng Tôn Thất Hội, Nguyễn Văn Thành kéo kỳ binh tập hậu phía sau khiến quân Tây Sơn bại trận phải rút về thành cố thủ.

Tây Sơn vương Nguyễn Nhạc cầu viện triều đình Phú Xuân. Vua Cảnh Thịnh cử Tư mã Ngô Văn Sở, Thái úy Phạm Công Hưng, Tư lệ Lê Trung đem 18.0000 quân và 80 thớt voi vào cứu viện. Nguyễn Phúc Ánh và các tướng phải lui binh, thành Hoàng Đế nhờ thế được giải vây.

Thái úy Phạm Công Hưng và Hộ giá Thượng tướng quân Nguyễn Văn Huấn tịch thu hết kho tàng ở Quy Nhơn chuyển về Quảng Ngãi, Phú Xuân. Nguyễn Nhạc uất hận mà chết. Nguyễn Bảo được Cảnh Thịnh phong làm Hiếu công (孝公) ăn lộc một huyện Phù Ly. Tất cả quân đội, đất đai của triều đình Thái Đức đều được nhận về triều đình Phú Xuân.

Hoàng Thái hậu họ Trần, mẹ của Nguyễn Bảo uất hận, thường mắng con:

Nguyễn Phúc Ánh muốn đánh lấy bốn phủ Quảng Ngãi, Quy Nhơn, Phú Yên, Diên Khánh cũng sai Tham tán Từ Văn Tú, tâm phúc của Nguyễn Nhạc đến dụ hàng Nguyễn Bảo. Nguyễn Bảo theo lời, ước nhận hàng.

Nguyễn Bảo chiêu dụ các tướng cũ của cha, nổi dậy đánh lấy thành Quy Nhơn. Thái phó Lê Văn Ứng phải bỏ trốn, Đại Tổng quản Lê Văn Thanh bị bắt giam. Hai tướng Đại Đô đốc Đoàn Văn Cát và Đô đốc Nguyễn Văn Thiệu chiếm lấy Phú Yên, gửi thư cho tướng Nam triều là Nguyễn Văn Thành và Đặng Trần Thường xin cứu viện. Nguyễn Văn Bảo cũng gửi thư cho Tư lệ Lê Trung ở Quảng Nam để dụ ông ta theo về.

Cảnh Thịnh lập tức kéo binh từ Phú Xuân vào Quy Nhơn dẹp loạn. Thiếu phó Trần Quang Diệu được cử đi Quảng Nam để khuyên can Tư lệ Lê Trung. Tư lệ Lê Trung giao binh quyền lại cho Trần Quang Diệu (tuy nhiên về sau Lê Trung vẫn bị Cảnh Thịnh nghi ngờ giết chết). Quân Phú Xuân kéo vào đánh hạ thành Quy Nhơn, bắt Nguyễn Bảo dìm xuống sông giết chết, Tham tán Từ Văn Tú bị xử lăng trì. Người đời gọi giai đoạn Nguyễn Văn Bảo cầm quyền là Tiểu triều (小朝).

Nguyễn Phúc Ánh ở Gia Định không cho Nguyễn Văn Thành và Đặng Trần Thường đem quân vào Phú Yên cứu viện. Đại Đô đốc Đoàn Văn Cát và Đô đốc Nguyễn Văn Thiệu phải bỏ Phú Yên chạy về Diên Khánh theo hàng quân Nam triều.